Следующий слой толщиной 17 тыс.км представлен жидким водородом.
Верхний слой Юпитера представляет атмосфера, состав которой представлен газами - водородом и гелием. Атмосфера разрывается сильными вихревыми ветрами. Это поднимается тепло из нижележащих слоев атмосферы и оно вызывает мощные бури, которые образуют в атмосфере облака в виде спиралей, овалов, потоков и завитков всевозможных оттенков желтого, красного, оранжевого и коричневого цветов.Такие атмосферные явления на Юпитере, как штормы, полярные сияния, молнии по своим масштабам и силе превосходят подобные явления на Земле в несколько раз. Так, например, гигантский штормовой вихрь Большое Красное пятно, известный с 17 века, двигается вокруг Юпитера, вращаясь против часовой стрелки. Высота вихря 8км, длина 40 тыс. км, ширина 14 км. Скорость штормового ветра около 500 км в час. Этот вихрь-гигант поглощает на своем пути другие вихри.